Bagnata dall'Ebro, la sua posizione geografica tra il Mar Cantabrico ed il Mediterraneo ed un importante rilievo montuoso nella sua metà meridionale, fanno sì che nella Rioja Alta domini il clima atlantico caratterizzato da temperature miti e precipitazioni moderate, che diminuiscono a poco a poco verso La Rioja Baja. La Rioja possiede due zone climatiche chiaramente differenziate: quella della Valle dell'Ebro e quella della Sierra.